Die beiden Elric Brüder haben seit ihrer Kindheit ein leidenschaftliches Interesse an der Alchemie. Edward und der ein Jahr jüngere Al leben gemeinsam mit ihrer Mutter im Dorf Resembool, während ihr Vater sich auf einer langen Reise befindet, ohne eine Nachricht über seinen Aufenthaltsort hinterlassen zu haben. Eines Tages erkrankt die Mutter schwer und stirbt; von da an sind die beiden nun ganz auf sich allein gestellt. Aber Ed will sich nicht damit abfinden und schlägt Al vor, die Mutter mit Hilfe der verbotenen Alchemie wieder ins Leben zurückzuholen. Der Versuch schlägt fehl, und die beiden bezahlen einen hohen Preis dafür: Al verliert seinen Körper, aber seine Seele verbindet sich mit einer Ritterrüstung, die es ihm ermöglicht, in dieser Welt zu bleiben, während Ed einen Arm und ein Bein verliert. Nachdem Ed seine fehlenden Gliedmaßen durch selbst konstruierte Metallprothesen ersetzt hat, begeben sich die Brüder auf die Suche nach dem Stein der Weisen, einem mythischen Gegenstand mit großer Heilkraft, mittels dessen Al seinen Körper und Ed seinen Arm und sein Bein wiederzubekommen hofft. Ein langes Abenteuer nimmt seinen Anfang, bei dem sie schockierende Wahrheiten über ihre Welt und deren Vergangenheit erfahren, und lernen müssen, welche Konsequenzen ihre Taten nach sich ziehen!